יונתן ניר הוא במאי ומפיק של סרטים דוקומנטריים זוכי פרסים ומרצה מבוקש. 
סרטיו ״הדולפין״, ״לחתוך את הכאב״, ״אח שלי גיבור״, ״האיש הנעלם – הסיפור של וילפריד ישראל״, ״תמונת חייו״ ו"הקבוצה של אלכס" שודרו בערוצי הטלוויזיה המובילים בעולם, נצפו על ידי מיליוני צופים ביותר מ -60 מדינות שונות וזכו בשבחי הביקורת ובעשרות פרסים בפסטיבלים בינלאומיים נחשבים. 
בנוסף לעבודתו כבמאי ומפיק, רכש לו ניר בעשור האחרון שם של מרצה מנוסה ומבוקש והוא העביר עד היום יותר מ-1500 הרצאות בפני קהלים מגוונים בארץ ובעולם. 
בהרצאותיו מעוררות ההשראה, המשולבות עם הקרנה של אחד מסרטיו ומותאמות באופן אישי לקהל אותו הוא פוגש, הוא מדבר על קולנוע דוקומנטרי ככלי לשינוי חברתי והעצמה אישית, הוא מדבר על אתיקה, אסתטיקה ומה שביניהם ומספר סיפורים מאחורי הקלעים של הפקות מורכבות באזורי קיצון, הדורשות התמודדות עם מצבי חוסר וודאות, תסכול ופחד והמחייבות עבודת צוות, סבלנות, אמונה ותקווה. 
בין השאר העביר יונתן עד היום הרצאות בפני יותר מ-400,000 תלמידי תיכון וסטודנטים במוסדות אקדמיים בארץ ובעולם, הרצה בכנסים של שופטים, רופאים, פסיכולוגים ועובדים סוציאליים, בארגונים גדולים, בחברות היי-טק ובאירועים מיוחדים שנערכו במקומות שונים בעולם - בין השאר במוזיאון הסובלנות בלוס-אנג׳לס, במוזיאון השואה במונטריאול, ובבנייני האו״ם הראשיים בווינה.בשנת 2019, נבחר ל-EDMUND HILLARY FELLOWSHIP, תכנית יוקרתית של ממשלת ניו זילנד, המכירה ביזמים וביוצרים בינלאומיים פורצי דרך ומובילים בתחומם, שעבודתם תורמת תרומה משמעותית לאנושות.

​

בשנת 2020 הרצה ב-TEDx על קולנוע דוקומנטרי ככלי לעיבוד והתמודדות עם טראומה. החל משנת 2021 הוא משמש כבמאי ראשי של סרטי התעודה בחברת ההפקה הבריטית אמברג'ק פילמס, בבעלות אנדי בייאט, הבמאי והמפיק של סרטי ה-BBC - "עולם מופלא" ו"הכוכב הכחול".

משנת 2020 מוביל ביחד עם אלמוג גורביץ מיזם הקרנות אונליין ייחודי והגדול ביותר בישראל. מדי שבוע מארח להקרנה יוצר.ת עם סרטו.ה ולאחר מכן עורך מפגש זום בשיתוף שאלות מהקהל. יותר מ-700,000 איש כבר השתתפו.