סבו עמוס (קוני) ניקולאי, עבד בארגון ההצלה היהודי ״המשרד הארצישראלי״ בברלין בתפקיד האחראי על ההכשרות החקלאיות בגרמניה. הוא עזב את גרמניה ב 31.8.1939, יום לפני פרוץ המלחמה, לאחר שהארגון שבמסגרתו פעל, הכשיר את עלייתם של כ-50,000 צעירים יהודים גרמנים.

אחיו של קוני היה השף יצחק (ניקו) ניקולאי, ממייסדי בית הספר המיתולוגי לבישול - תדמור. 
בשנת 1984, כשהיה בן שבע, נחטפה ונרצחה בת דודתו - הדס קדמי ז״ל, אסון משפחתי אותו הגדיר במספר ראיונות כאירוע שהשפיע עמוקות על חייו ותפיסת עולמו.
יונתן התחנך בקיבוץ הזורע ובמוסד החינוכי ״שומריה״ שבקיבוץ משמר העמק. הוא היה תלמיד בעייתי, ונפלט מהתיכון בכיתה י״א, והחל לעבוד כדייג במדגה של קיבוצו. בין הגילאים 15-17 השלים חמש תחרויות טריאתלון אולימפיות.
הוא התגייס לצה״ל שלושה שבועות אחרי הירצחו של רבין, והתקבל לאחת מיחידות העילית של צה״ל, יחידה בה שרת בסדיר ובקבע. במהלך שירותו הצבאי נהרגו תוך פחות מחודשיים שניים מ-12 בני כיתתו, מתן פוליבודה ז״ל בתאונת צלילה בשייטת וניב סדן ז״ל לוחם פלס״ר נח״ל.  שבועיים לאחר מותו של סדן נהרג גם בן דודו זוהר קדמי, אחיה של הדס, בתאונת דרכים קשה בצ׳ילה. שבועות ספורים לאחר שחרורו מצה״ל, נהרג גם חברו לצוות נעם ברנע ממטען למרגלות הבופור. 
סיפורו של ברנע היווה בסיס לספרו של רון לשם ״אם יש גן עדן״ שהפך ברבות הימים לסרט הקולנוע עטור הפרסים - ״בופור״.
מותו של ברנע הוציא את יונתן למסע בן שבע שנים במהלכו חילק את חייו בין ארה״ב - שם היה הבעלים השותף של חברה שהעסיקה כ-40 עובדים ושעסקה בייבוא, שיווק וממכר מוצרים במרכזי קניות - לבין מסעות ארוכים ברחבי העולם.
הוא ביקר ב-46 מדינות בארה״ב, נסע ברכב מקונטיקט להונדורס, עבד כחצי שנה כמדריך צלילה באי אוטילה שבקריביים ותקופה דומה באי מאווי שבהוואי. בהמשך טייל באופן אינטנסיבי באפריקה ובמזרח הרחוק.
ב-2004 פגש לראשונה את עמוס נחום, אחד מצלמי הטבע הגדולים בהיסטוריה, והפך לעוזרו ולתלמידו.
בשנה זו התגורר בתאילנד ועבד כצלם תת ימי ומדריך צלילה על סיפון ספינת הצלילה ״Aladdin Dive Safari”. הוא עזב את תאילנד יום לפני שפגע הצונאמי בחופיה - לבקשת סבו שהיה על ערש דווי. משך מספר ימים לא היה ידוע מה עלה בגורלה של הספינה שעליה עבד, עד שהתברר ששרדה, משום ששהתה בעומק הים בשעה שבה הכה הגל הקטלני. 
יונתן שב לתאילנד מיד לאחר לוויתו של סבו כשלושה שבועות לאחר הצונאמי, כדי לסייע בשיקום מועדון הצלילה שבו עבד.
מאורע זה היה הבסיס לכתבתו המצולמת הראשונה ״גן העדן האבוד״ שפורסמה ב״מוסף הארץ״ ובמגזינים נוספים בארץ ובעולם - וסיפרה את סיפורם של צועני הים הנכחדים של תאילנד, שצפו את הגיעו של הצונאמי ואף הזהירו עשרות תיירים מפניו והצילו את חייהם.
כתבה זו היוותה את יריית הפתיחה לקריירה שלו כעיתונאי-צלם נודד - במהלכה פרסם עשרות כתבות מצולמות ב״מוסף הארץ״, ״7 ימים״, ״סופשבוע מעריב״, Asian Geographic, ״טבע הדברים״, ״מסע אחר״ ומגזינים נוספים ברחבי העולם.
בשנת 2006 הביא כתבה מצולמת מאיזור נידח בפפואה גינאה החדשה, עליה קיבל את פרס ״הכתבה המצולמת הטובה של העשור״ מטעם מגזין Asian Geographic.
בשנים 2004-2006, עסק רבות בצילום תת ימי ודורג פעמיים בעשירייה הראשונה בעולם, במונדיאל הצילום התת ימי שנערך מידי שנה בצרפת.
במלחמת לבנון השנייה גוייס לשירות מילואים ביחידתו. תוך כדי המלחמה כתב טורים שפורסמו ב״מוסף הארץ״ וזכו להד תקשורתי נרחב, עד שבאחד מהלילות האחרונים של המלחמה נפצע במהלך פינוי שדה מוקשים. בעקבות פציעה זו, קיבלה דרכו המקצועית תפנית בלתי צפויה, והוא החל ליצור סרטים תיעודיים העוסקים בצמיחה מתוך טראומה, בחיבור שבין האדם לבין עולם הטבע, ובמסעות פיזיים ונפשיים בחיפוש אחרי תקווה וגאולה.
יונתן למד טלויזיה וקולנוע בביה״ס קמרה אובסקורה. סרטיו ״הדולפין״, ״אח שלי גיבור״, ״לחתוך את הכאב״, ״האיש הנעלם - הסיפור של וילפריד ישראל״, ״תמונת חייו״ ו״הקבוצה של אלכס״, הוקרנו ושודרו בפני מיליוני צופים בכ-60 מדינות שונות, וזכו בשבחי הביקורת ובפרסים רבים בפסטיבלים בינלאומיים נחשבים. הם שודרו בין השאר בערוצים:VPRO, IKON, ARTE, ZDF, ORF ,CBC, SRF, RSI, CTV, ERR, plane’te, Channel 4, France Television, NHK, NDR/ARD, DR, AVROTROS, ובכל ערוצי הטלויזיה הישראלית.
סרטו ״אח שלי גיבור״ הוא הסרט הראשון והיחיד שזכה בשני הפרסים הגדולים בפסטיבל הסרטים הבינלאומי היוקרתי של סנטה ברברה. 
סרטו ״הדולפין״ הוקרן בהקרנת בכורה טלוויזיונית מיוחדת בערוץ ארטה הצרפתי, יחד עם ״הכחול הגדול״ של לוק בסון.

״הדולפין״ הוא הסרט הישראלי הראשון והיחיד שזכויות העיבוד הקולנועי שלו נרכשו על ידי ״אולפני דיסני״. 
סרטיו זכו בין השאר בפרס הסרט הטוב במסגרת Entre 2 Marche בפסטיבל קאן, בפרס במאי השנה בפסטיבל דוק-אדג׳ בניו זילנד, בפרס הראשון במונדיאל הצילום התת ימי בצרפת, בפרס חבר השופטים בפסטיבל ירושליים, במועמדויות לאוסקר הישראלי ולאוסקר הירוק הבינלאומי (Cinema for Peace), במדליית הכסף ב-Mind Media Awards  ב-British Film Institute, בפרס בחירת הקהל בפסטיבל היהודי של סן פרנסיסקו, בפרס הסרט הטוב בפסטיבל לוס אנג׳לס, בפרס הצילום בפסטיבל הקולנוע השנתי של האו״ם, בפרס הגדול בפסטיבל Breaking Down Boundaries במוסקבה ובפרסים רבים נוספים.